更昔洛韦滴眼液和阿昔洛韦滴眼液都属于核苷类抗疱疹病毒药物，都用于治疗单纯疱疹性角膜炎。两者在作用机制、抗病毒种类、化学结构等方面有所区别。
1.作用机制：更昔洛韦滴眼液主要通过两种方式来限制病毒的合成和复制，一是通过竞争性地抑制病毒DNA聚合酶，二是一起进入DNA内，进而导致病毒DNA终止延长。而阿昔韦洛滴眼液可以抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，其三磷酸盐作为底物与相应的酶结合并进入病毒的DNA当中，从而抑制病毒的合成和复制。
2.抗病毒种类：更昔洛韦滴眼液是治疗巨细胞病毒感染的首选药物，对巨细胞病毒具有比较强的抑制效果。而阿昔洛韦滴眼液只用于单纯的疱疹病毒感染，对Ⅰ型和Ⅱ型单纯疱疹病毒有效，但对巨细胞病毒的作用比较弱一些。
3.化学结构：更昔洛韦滴眼液是阿昔洛韦滴眼液的衍生物，与阿昔洛韦滴眼液的区别在于其侧链上多了一个羟甲基，属于第二代核苷类病毒药物。更昔洛韦滴眼液具有见效快、不易产生耐药性的特点。
除此之外，更昔洛韦滴眼液和阿昔洛韦滴眼液在抗病毒活性、抗病毒强度、不良反应等方面都有所区别。用药一定要遵循药师的建议，不可擅自用药。
