早晨起来咳嗽两声可能是环境因素、过敏反应、流行性感冒、支气管炎、鼻窦炎等原因造成的，建议到正规医院明确诊断之后，采取合适的治疗措施。
1.环境因素：在夜晚睡觉的时候，由于环境比较干燥，如果喝水比较少，很可能会造成咽喉部位变得较为干燥，在体位发生改变之后，可能会对咽喉部位产生刺激，因此表现为咳嗽症状。可以适当的喝一些温水，有助于促进血液循环，也能够减轻咳嗽症状。
2.过敏反应：如果在早上起床之后接触过敏原，比如粉尘或者是花粉等，都有可能会引起过敏性咳嗽的症状，如果症状较轻，需要及时远离过敏原，也有助于逐渐缓解症状，如果咳嗽的症状较为严重，可以在医生指导下使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物治疗，可以起到抗过敏的作用。
3.流行性感冒：主要是人体免疫力低下的原因，如果病原体侵入到上呼吸道也会造成炎症反应，通常会引起鼻腔分泌物增多，如果症状较为严重，刺激到咽喉部位，也会伴随咳嗽症状。可以做好局部的护理工作，适当的吃一些新鲜的蔬菜和水果，比如苹果或者香蕉，也可以在医生指导下使用四季感冒颗粒、布洛芬缓释片等药物治疗，可以促使病情恢复。
4.支气管炎：慢性支气管炎的患者，如果在早晨起床之后有咳嗽的症状，多数在夜间的时候，气道内聚集的痰液增多，形成刺激引起的咳嗽，可以适当的喝一些温水，有助于补充身体所需的水分，也能够减轻咳嗽的症状，如果情况较为严重，可以在医生指导下使用泮托维林片、右美沙芬片等药物治疗，可以促使炎症消散。
5.鼻窦炎：鼻窦感染造成的炎症通常会伴随鼻塞以及流鼻涕的症状，有时会引起咳嗽等现象。可以通过生理盐水冲洗鼻腔的方法改善，同时还应保持室内的湿度。可以遵循医嘱使用通窍鼻炎片、千柏鼻炎片等药物治疗，可以改善鼻塞以及鼻痒的症状。
在平时需要注意做好自身的护理工作，避免受到环境的刺激，饮食上可以适当的吃一些清淡的食物，比如小米粥或者玉米粥。
