同房后第三天小腹疼痛可能是排卵期、盆腔炎、阴道炎、子宫内膜炎、卵巢囊肿等原因引起的，建议到医院进行妇科检查，可以明确病因，配合医生进行治疗。
1.排卵期：如果正处于排卵期，因为卵泡破裂排到腹腔或者盆腔，可能会导致盆腹腔或者腹膜刺激，容易引起下腹坠胀感、腰酸背痛、小腹疼痛等症状。需要多休息，做好腹部保暖，可以使用热水袋对腹部进行热敷，每次热敷时间在10分钟到15分钟，能够慢慢自行恢复。
2.盆腔炎：同房比较频繁或者不注意个人卫生，可能会导致细菌侵入，容易引起盆腔炎，伴随小腹痛、发热或者分泌物增多等症状。可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢拉定胶囊等药物治疗，可以达到抗菌作用。需要做好个人卫生，每天换洗干净内裤，使用温水清洗外阴。
3.阴道炎：一般是感染或者菌群失调等原因引起的，同房时候不注意个人卫生，有可能会导致阴道炎发作，因此会出现小腹疼痛、分泌物异常、阴道瘙痒灼热感等症状。需要在医生指导下使用甲硝唑片或者替硝唑片等药物治疗，能够达到消炎作用。
4.子宫内膜炎：通常是子宫内膜感染病原体引发的炎症，同房之后可能会导致炎症加重，引起小腹疼痛、发热异常、阴道分泌物或者月经异常等症状。可在医生指导下使用抗生素药物治疗，比如罗红霉素胶囊或者阿奇霉素分散片等药物治疗，可以达到消退炎症的作用。
5.卵巢囊肿：可能是同房时候对病灶造成刺激，产生腹痛，囊肿体积较小，而且生长速度缓慢，暂时不需要治疗。可以定期到医院复查，若是囊肿体积较大，而且小腹疼痛比较剧烈，此时需要进行囊肿切除术。
日常做到劳逸结合，保证充足睡眠，避免饮酒或者吃辛辣刺激性食物，比如辣椒或者冰块等。如果患上妇科疾病，建议及时就医治疗，避免延误病情。
