肛瘘手术通常局麻即可，但也有部分情况会采用全麻。
局麻在肛瘘手术中应用较为广泛。一方面，局麻操作相对简单，通过在肛瘘周围注射麻醉药物，能有效阻滞局部神经传导，使手术部位失去痛觉。这样在手术过程中，患者能保持清醒，可随时与医生配合，医生也能根据患者的反应及时调整操作。而且局麻对患者的生理功能干扰较小，术后恢复相对较快，麻醉相关的并发症也相对较少。
在某些特殊情况下会考虑全麻。比如患者对疼痛极为敏感，心理上对手术存在过度恐惧，难以配合局麻下的手术操作；或者肛瘘情况较为复杂，手术时间预计较长，局麻可能无法保证手术全程的无痛效果，此时全麻就更为合适。全麻能让患者在整个手术过程中处于无意识状态，完全消除紧张和疼痛的感觉，使手术得以顺利进行。
全麻也有一定的风险，如麻醉药物过敏、呼吸抑制等，术后恢复时间相对局麻也会稍长一些。医生会在手术前综合评估患者的具体情况，包括身体状况、肛瘘的复杂程度等，来选择最适合患者的麻醉方式。
