艾灸的顺序一般为先上部后下部，先背部后腹部，先头面后四肢，先左侧后右侧。
艾灸是通过点燃用艾叶制成的艾绒、艾柱，产生的艾热刺激人体穴位或特定部位，以激发经气的活动来调整人体紊乱的生理生化功能，从而达到防病治病目的的一种治疗方法。按照上述顺序进行艾灸，是基于人体经络气血的运行规律。上部、背部、头面等部位相对气血流通较为顺畅，先艾灸这些部位有助于气血的引导和疏通。而腹部、下部、四肢等部位，气血相对容易积聚或阻滞，在前面部位艾灸的基础上再进行艾灸，能更好地促进气血的循环和调节。
从左右顺序来说，先左侧后右侧也是遵循人体的生理特点。因为人体的经络左右对称分布，先灸左侧可以使气血在经络中有序地流动，再灸右侧能进一步平衡左右两侧的气血。
在进行艾灸时，要保持室内空气流通，避免艾烟过浓。同时，要注意温度，避免烫伤皮肤。艾灸后半小时内不要用冷水洗手或洗澡，饮食上也要避免吃生冷食物。
