吃酵素后肚子疼是一种较为复杂的情况，可能是肠胃不耐受、过敏反应、酵素质量问题、本身肠道疾病等原因引起。
1.肠胃不耐受：酵素中含有多种成分，如膳食纤维等，一些人的肠胃可能对这些成分比较敏感。当摄入酵素后，肠胃受到刺激，会引起肠道蠕动加快，导致肚子疼，还可能伴有腹泻。
2.过敏反应：部分人可能对酵素中的某些成分过敏，如其中的水果提取物、微生物等，当过敏体质的人摄入酵素后，免疫系统会将其识别为外来的有害物质，从而启动免疫反应。身体会释放组胺等物质，组胺会使肠道平滑肌收缩、血管扩张，引发肚子疼，同时可能出现皮疹、瘙痒等其他过敏症状。
3.酵素质量问题：如果酵素在制作过程中受到污染，或者添加了有害成分，食用后可能会对肠道造成损害引起炎症反应，出现肚子疼的症状，还可能伴有恶心、呕吐等。
4.本身肠道疾病：如果本身患有肠道疾病，如肠炎、肠易激综合征等，酵素的摄入可能会加重肠道的负担，使炎症反应加剧，导致肚子疼，并且可能会使原有的肠道疾病症状恶化。
如果吃酵素后肚子疼症状较轻，可先停止食用酵素，观察症状是否缓解。同时，可以适当喝些温水，休息一下。若肚子疼持续不缓解或者伴有发热、呕吐、腹泻不止等严重症状，应及时就医准确判断病因并进行相应的治疗。
