流感病毒感染一般可以全部清除。
人体自身拥有强大的免疫系统，当流感病毒入侵时，免疫系统会被激活。免疫系统中的淋巴细胞能识别流感病毒的抗原，然后启动一系列免疫反应。B淋巴细胞会产生特异性抗体，这些抗体可以与流感病毒结合，使其失去活性，并被吞噬细胞吞噬清除。同时，T淋巴细胞能直接攻击被病毒感染的细胞，将其裂解，释放出病毒，再由抗体等进一步清除。
大多数身体健康、免疫力正常的人感染流感病毒后，在及时休息、补充营养等情况下，免疫系统能够在1 - 2周左右将流感病毒全部清除，症状也会随之逐渐消失。而且，感染流感病毒后人体还会产生一定的免疫记忆，在一段时间内对同类型的流感病毒有一定的抵抗力。
但如果患者本身免疫力低下，比如老年人、儿童、患有慢性疾病的人群，或者感染的流感病毒毒株毒性较强，可能会导致病情较为严重，病毒在体内持续存在，引发并发症，影响病毒的清除。不过，通过合理使用抗病毒药物，如奥司他韦等，也能帮助抑制病毒复制，促进病毒的清除。
感染流感病毒后要多休息，保证充足睡眠，让身体有足够的能量对抗病毒。饮食上要营养均衡，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，增强免疫力。还要多喝水，促进新陈代谢，利于身体恢复。若症状持续不缓解或加重，应及时就医。
