衣原体主要分为沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、兽类衣原体和新衣原体等。
1.沙眼衣原体：是最常见的衣原体类型，主要感染人的眼结膜和泌尿生殖道。在眼部，会引起沙眼，因为沙眼衣原体能够侵袭眼结膜上皮细胞，在细胞内繁殖，导致眼结膜出现炎症，如结膜充血、乳头增生、滤泡形成等，严重时可引起角膜血管翳，影响视力。
2.肺炎衣原体：主要引起呼吸道感染，可以感染人的上下呼吸道，导致肺炎、支气管炎、咽炎和鼻窦炎等。肺炎衣原体能够进入呼吸道上皮细胞，在细胞内生长繁殖，引起炎症反应，出现咳嗽、咳痰、发热、咽痛等症状，且感染后症状可能持续较长时间。
3.鹦鹉热衣原体：主要在鸟类和人类之间传播，人在接触感染的鸟类后可能被感染，引起鹦鹉热，可通过呼吸道进入人体，在体内扩散，引发高热、寒战、头痛、咳嗽等类似流感的症状，还可能伴有相对缓脉等特点。
4.兽类衣原体：主要感染动物，不过偶尔也会传染给人。在动物中可引起流产、肺炎等多种疾病，传染给人时，也可能导致类似呼吸道感染或其他不明原因的发热等症状。
5.新衣原体：其致病性等诸多特性尚未完全明确，但已被发现和一些新的疾病现象可能有关。
预防衣原体感染，要注意个人卫生，如勤洗手，避免接触感染源。在接触鸟类等可能携带衣原体的动物时要注意防护。如果怀疑感染衣原体，应及时就医检查，通过实验室检测来确诊，并且要按照医嘱进行治疗，治疗期间避免性行为，防止传播给他人。
