并不存在肛周疣治疗最好的方法。肛周疣的治疗方法通常有药物治疗、物理治疗、手术治疗、免疫疗法、光动力治疗等。
1. 药物治疗：适用于疣体较小、数目较少的患者。常用药物包括鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏等。鬼臼毒素酊可抑制疣体生长，促使其脱落，但可能会引起局部刺激、疼痛等不良反应。咪喹莫特乳膏通过诱导局部炎症反应及免疫调节作用来清除疣体，一般副作用相对较轻。
2. 物理治疗：是较为常用的方法。包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等。冷冻治疗是利用液氮的低温使疣体组织坏死、脱落；激光治疗则通过激光的热效应直接破坏疣体；电灼治疗是用电刀对疣体进行烧灼切除，这些方法操作相对简单，疗效较确切，但可能会遗留一定的创面，需要注意预防感染。
3. 手术治疗：对于疣体较大、数目较多或经其他治疗方法反复复发的患者可考虑手术切除。手术可以直接将疣体完整切除，但手术创伤相对较大，术后恢复时间较长，且有一定的复发风险。
4. 免疫疗法：通过调节机体的免疫功能来达到清除疣体的目的。常用的有干扰素等，可增强机体的抗病毒能力，减少复发，但单独使用疗效可能有限，常与其他治疗方法联合应用。
5. 光动力治疗：是一种新型的治疗方法。利用特定波长的光照射局部，产生单线态氧等活性氧物质，破坏疣体组织。其优点是对周围正常组织损伤小，复发率相对较低，但治疗费用较高。
肛周疣治疗后应保持肛周清洁干燥，避免搔抓、摩擦疣体部位，避免不洁性行为，定期复查，如有复发及时治疗。
