瓜氨酸血症需要与高氨血症、尿素循环障碍相关疾病、有机酸血症、脂肪酸氧化缺陷病、线粒体疾病等相鉴别。
1. 高氨血症：高氨血症是多种病因引起血氨浓度升高的一组疾病，临床表现与瓜氨酸血症有相似之处，如都可能出现神经系统症状，像嗜睡、惊厥、昏迷等。但高氨血症病因更为复杂，除了尿素循环障碍外，还可能由肝脏疾病、某些药物等因素导致。实验室检查中血氨水平升高是重要特征，通过进一步检查肝功能、相关酶活性等可辅助鉴别。
2. 尿素循环障碍相关疾病：尿素循环中其他酶缺陷导致的疾病，如鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症等。这些疾病与瓜氨酸血症同属尿素循环异常范畴，临床症状有重叠，都可能出现高氨血症及神经系统受累表现。但不同酶缺陷会有特定的代谢产物变化，通过检测血、尿中相关氨基酸和代谢产物水平，以及基因检测可进行鉴别。
3. 有机酸血症：有机酸血症是一组由于有机酸代谢过程中酶缺陷引起的疾病。患儿可出现代谢性酸中毒、高氨血症、神经系统异常等表现，易与瓜氨酸血症混淆。有机酸血症患者尿液中有机酸排泄增加，通过气相色谱 - 质谱等检测方法可发现特定有机酸的异常蓄积，有助于鉴别诊断。
4. 脂肪酸氧化缺陷病：脂肪酸氧化缺陷病在能量代谢障碍时可出现低血糖、高氨血症等症状，与瓜氨酸血症部分表现相似。但脂肪酸氧化缺陷病多在饥饿、感染等应激状态下诱发，通过检测血中脂肪酸、肉碱等代谢产物水平，以及基因分析可明确诊断。
5. 线粒体疾病：线粒体疾病是由于线粒体功能异常导致的一组多系统疾病，可累及神经系统、肌肉等多个器官。部分线粒体疾病患者也可能出现高氨血症和神经系统症状，与瓜氨酸血症鉴别较为困难。线粒体疾病常伴有乳酸酸中毒、肌肉无力等其他特征性表现，通过肌肉活检、基因检测等有助于鉴别。
对于疑似瓜氨酸血症的患者，应及时进行全面的代谢筛查和相关基因检测，结合临床表现综合分析，以明确诊断并制定个体化治疗方案。
