灌肠可能引起的副作用有肠道不适、肠道菌群失调、肠穿孔等。
1.肠道不适：灌肠过程中，肛管的插入以及灌肠液的刺激，可能会引起肠道痉挛，导致患者出现腹痛、腹胀等不适症状。另外，若灌肠速度过快、压力过大，还会使肠道蠕动异常，进一步加重不适感，一般灌肠结束后，稍作休息，症状多可逐渐缓解。
2.肠道菌群失调：灌肠液可能会破坏肠道内原有的微生态平衡。正常情况下，肠道内有益菌与有害菌相互制约，维持肠道健康。频繁灌肠或灌肠液选择不当，如使用了刺激性强的消毒剂灌肠，会大量杀灭有益菌，有害菌趁机繁殖，引发腹泻、便秘交替等肠道功能紊乱表现，影响肠道正常消化与吸收功能。
3.肠穿孔：操作不当，如肛管质地过硬、插入过深或用力过猛，或患者本身肠道存在病变，如肠道肿瘤、肠憩室等使肠壁变薄、脆弱时，灌肠过程中就有可能导致肠壁破裂穿孔。肠穿孔发生后，肠道内容物会流入腹腔，引发剧烈腹痛、腹肌紧张，伴有发热、寒战等感染症状，需紧急手术治疗。
若病情需要进行灌肠，务必选择正规医疗机构，由专业医护人员操作。灌肠前后，如出现上述任何不适症状，应及时告知医生，以便采取相应措施，避免病情恶化。
