不存在治疗性功能时间短最好的药。性功能时间短受多种因素影响，用药需根据具体病因个体化选择。
心理因素是常见原因之一。长期压力大、焦虑、抑郁等不良心理状态，可能干扰神经调节，导致性功能时间短。这种情况一般不直接用药，可先进行心理疏导，必要时使用抗抑郁、抗焦虑药物，如舍曲林、帕罗西汀等，它们能调节大脑神经递质，改善心理状态，间接提升性功能。
局部敏感度过高也会引发此问题。阴茎头敏感度高，性生活时容易快速射精。对于这类患者，可外用复方利多卡因凝胶等局部麻醉药，降低阴茎头的敏感性，延长性交时间。
一些慢性疾病如糖尿病、高血压等，会损害神经和血管功能，影响性功能。以糖尿病为例，血糖长期控制不佳，会使神经纤维变性而失去功能，导致性功能障碍。治疗时，需积极控制原发病，如使用二甲双胍控制血糖，同时可配合营养神经的药物如甲钴胺等，改善神经功能，对性功能恢复有一定帮助。
中医中药在改善性功能时间短方面也有一定作用。对于肾虚引起的情况，可根据肾阴虚或肾阳虚的不同，分别选用六味地黄丸、金匮肾气丸等进行调理。
无论选择哪种药物，都要在专业医生指导下进行。自行用药可能因药不对症延误病情，还可能引发不良反应。用药过程中要严格按医嘱剂量和疗程使用，定期复查，以便医生根据治疗效果及时调整治疗方案。
