自然流产没流干净可能是子宫收缩乏力、蜕膜残留、绒毛残留、子宫位置异常、感染等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有药物治疗、手术治疗等。
1. 子宫收缩乏力：自然流产后，子宫未能有效收缩，导致部分妊娠组织无法顺利排出。可使用促进子宫收缩的药物，如缩宫素注射液，能直接兴奋子宫平滑肌，加强子宫收缩；益母草颗粒，可活血调经，促进子宫恢复；米索前列醇片，能引起子宫收缩，促使残留组织排出。均需遵医嘱用药。若药物效果不佳，可能需行清宫术。
2. 蜕膜残留：蜕膜剥离不完全就会有残留。可先尝试药物治疗，新生化颗粒，能活血、祛瘀、止痛；五加生化胶囊，有助于促进子宫复旧；少腹逐瘀颗粒，可活血逐瘀、祛寒止痛，遵医嘱服用。若残留较多，需通过清宫手术清除。
3. 绒毛残留：绒毛组织未完全排出。可选用缩宫素鼻喷雾剂，通过鼻腔给药促进子宫收缩；产后逐瘀胶囊，能活血调经、祛瘀止痛；血府逐瘀胶囊，可活血祛瘀、行气止痛，按医嘱使用。若残留持续存在，需手术清宫。
4. 子宫位置异常：如子宫过度前倾或后倾，影响妊娠组织排出。可通过改变体位，如膝胸卧位，促进残留组织排出。同时配合药物，如益母草膏，能活血调经；生化丸，可养血祛瘀；桂枝茯苓胶囊，能活血、化瘀、消癥，遵医嘱服用。若仍无法排出，考虑手术。
5. 感染：流产后发生感染，影响子宫恢复和组织排出。先使用抗生素控制感染，如头孢克肟分散片，能抑制细菌生长；甲硝唑片，可抗厌氧菌；阿奇霉素胶囊，对多种病菌有抗菌作用，均需遵医嘱。感染控制后，视残留情况决定是否清宫。
流产后要注意休息，避免劳累，保持外阴清洁，一个月内禁止性生活和盆浴。密切观察阴道出血和腹痛情况，如有异常及时就医。按照医生要求定期复查，确保身体恢复良好。
