不存在治疗卵巢囊肿的最好方法，因为治疗方式需依据囊肿的性质、大小、患者症状及生育需求等多方面因素综合考量。
对于生理性卵巢囊肿，多由月经周期变化引起，一般直径小于 5 厘米，通常无明显症状。这类囊肿大多能在 2 - 3 个月经周期内自行消失，无需特殊治疗，定期复查超声，观察囊肿大小、形态变化即可。
若囊肿持续存在或增大，直径大于 5 厘米，或引发腹痛、腹胀、月经紊乱等症状，可能需要手术治疗。手术方式有多种，年轻有生育需求的患者，多采用卵巢囊肿剥除术，尽量保留正常卵巢组织，以维持卵巢功能和生育能力；对于年龄较大、无生育需求且囊肿为良性的患者，可考虑患侧附件切除术；若怀疑囊肿有恶变倾向，则需扩大手术范围，进行全面的分期手术。
对于一些良性、较小的囊肿，也可采用药物治疗辅助控制。比如短效避孕药，可调节体内激素水平，抑制囊肿生长。但药物治疗效果因人而异，且通常无法使囊肿完全消失。
治疗卵巢囊肿后，要保持健康的生活方式，规律作息，避免熬夜，均衡饮食，多摄入蔬菜、水果，减少高脂肪、高糖食物摄入。适当进行体育锻炼，增强体质。同时，要按照医生要求定期复查，以便及时发现异常并处理。
