甲磺酸伊马替尼的不良反应及处理措施如下：
1. 血液系统：可出现中性粒细胞减少、血小板减少等。处理措施包括定期监测血常规，如出现明显减少，可根据情况减量或停药，必要时给予升白细胞、升血小板药物治疗。
2. 消化系统：常见恶心、呕吐、腹泻等。可调整饮食，避免辛辣、油腻等刺激性食物，分次进食，症状严重时可给予止吐、止泻药物，如胃复安、蒙脱石散等。
3. 水肿：部分患者可出现下肢水肿。可嘱患者抬高下肢，避免长时间站立或久坐，必要时使用利尿剂。
4. 肌肉骨骼系统：可能导致肌肉痛、关节痛等。可适当休息，局部热敷或按摩，疼痛明显时可给予非甾体抗炎药缓解。
5. 皮疹：少数患者可出现皮疹。保持皮肤清洁，避免搔抓，可给予抗过敏药物治疗，如氯雷他定等。
6. 肝脏毒性：可导致转氨酶升高等。定期复查肝功能，如转氨酶升高明显，可考虑减量或停药，给予保肝药物治疗。
注意事项：用药期间应密切观察自身症状和体征，如出现任何不适及时告知医生。定期复查相关指标，以便及时调整治疗方案。在医生的指导下合理用药，不可自行增减剂量或停药。
