不存在治疗肥厚型心肌病最好的方法，因为治疗方案需依据患者具体病情、症状及身体状况等多方面因素综合制定。
药物治疗是基础。β受体阻滞剂能减慢心率、降低心肌耗氧量，缓解呼吸困难、胸痛等症状，还可改善心肌舒张功能。非二氢吡啶类钙通道阻滞剂，如维拉帕米，也有助于改善舒张功能，减轻流出道梗阻。对于伴有心力衰竭症状的患者，可使用利尿剂减轻心脏负荷。
对于药物治疗效果不佳、存在严重流出道梗阻的患者，可考虑手术治疗。室间隔切除术是切除部分肥厚的室间隔心肌，解除流出道梗阻，改善心脏功能。酒精室间隔消融术则是通过向供应肥厚室间隔心肌的冠状动脉间隔支注入无水酒精，造成局部心肌梗死，使肥厚心肌变薄，从而减轻流出道梗阻。
植入式心脏复律除颤器ICD对于有心脏性猝死高危因素的患者意义重大。它能实时监测心脏节律，在发生恶性心律失常时及时进行电击除颤，挽救患者生命。
在日常生活中，患者要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，以防加重心脏负担。饮食上，要控制盐分摄入，减少水钠潴留，减轻心脏水肿。保持情绪稳定，避免精神紧张和情绪激动，因为这些因素可能诱发心律失常。定期到医院复查，包括心脏超声、心电图等检查，以便医生及时了解病情变化，调整治疗方案。
