两只眼睛瞳孔不一样大可能由多种原因引起，如先天性虹膜发育异常、外伤导致虹膜根部离断、青光眼引起的瞳孔扩大、动眼神经麻痹影响瞳孔括约肌功能、调节性瞳孔大小异常等。
1. 先天性虹膜发育异常：可能是在胚胎发育过程中虹膜组织发育不完全或形态异常，导致瞳孔大小不一致。一般无需特殊处理，若影响外观或视力，可考虑手术矫正。
2. 外伤导致虹膜根部离断：眼部受到外力撞击等外伤，可能使虹膜根部与睫状体分离，引起瞳孔形状改变和大小不一。若离断范围小且无明显症状，可观察；若离断范围大影响视力，需手术修复。
3. 青光眼引起的瞳孔扩大：青光眼导致眼压升高，可影响瞳孔的调节功能，使瞳孔散大。需积极治疗青光眼，控制眼压，以缓解瞳孔大小异常的情况。
4. 动眼神经麻痹：动眼神经受损会影响瞳孔括约肌的功能，导致瞳孔大小不等。可针对病因进行治疗，如营养神经、改善循环等，同时可使用散瞳或缩瞳药物调节瞳孔大小。
5. 调节性瞳孔大小异常：可能与自主神经功能紊乱等有关，导致瞳孔大小调节失常。一般无需特殊治疗，注意休息，避免过度疲劳，若症状持续或加重，及时就医。
注意：若发现两只眼睛瞳孔不一样大，应及时就医，进行详细的眼部检查，以明确病因并采取相应的治疗措施。同时，要注意保护眼睛，避免外伤和过度用眼。
