医学上不存在治疗萎缩性胃炎的最佳药，因为患者情况各异，治疗需个体化。不过，针对萎缩性胃炎的不同状况，有多种药物可发挥作用。
首先是根除幽门螺杆菌的药物。多数萎缩性胃炎由幽门螺杆菌感染引发，若检测呈阳性，通常采用质子泵抑制剂、铋剂和抗生素联合治疗。比如常用的质子泵抑制剂奥美拉唑，能抑制胃酸分泌，为治疗营造良好环境；铋剂枸橼酸铋钾可保护胃黏膜；抗生素阿莫西林、克拉霉素等负责杀灭幽门螺杆菌。
其次是改善胃动力的药物。当患者出现腹胀、早饱等消化不良症状时，多潘立酮、莫沙必利等药物能增强胃肠蠕动，促进胃排空，缓解不适。
再者是胃黏膜保护剂。铝碳酸镁等药物可中和胃酸，减轻胃酸对胃黏膜的刺激，还能吸附胆汁，对于胆汁反流导致的萎缩性胃炎有不错疗效。
另外，对于存在胃黏膜肠化生或不典型增生的患者，可适当补充维生素 C、维生素 E、叶酸等抗氧化剂，可能有助于逆转胃黏膜病变。
治疗萎缩性胃炎的药物众多，具体选择需依据患者实际病情，由专业医生判断。患者要严格按医生嘱咐用药，不能自行增减药量或停药。日常饮食也需格外注意，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，保持规律作息与良好心态，这些都对病情恢复有益。
