不存在肠化生治疗最好的方法。肠化生是指胃黏膜上皮细胞被肠型上皮细胞所取代的现象，治疗需综合多方面因素，采取个体化方案。
一般治疗很关键。调整生活方式和饮食习惯是基础。要规律作息，避免熬夜，让身体有良好的恢复环境。饮食上，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，减少对胃黏膜的刺激。同时，要戒烟戒酒，烟草中的尼古丁和酒精都会损害胃黏膜，加重肠化生。
药物治疗方面，若是幽门螺杆菌感染所致的肠化生，需进行根除治疗。通常采用质子泵抑制剂、铋剂和抗生素联合使用，疗程一般为 10 - 14 天。根除幽门螺杆菌可有效降低胃黏膜炎症，减缓肠化生的进展。对于有胃酸分泌过多症状的患者，使用质子泵抑制剂或 H₂ 受体拮抗剂抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的侵蚀。胃黏膜保护剂能在胃黏膜表面形成一层保护膜，促进胃黏膜修复。
对于症状严重、药物治疗效果不佳，且存在高级别上皮内瘤变的患者，可能需考虑手术治疗。但手术有一定风险，需谨慎评估。
治疗过程中，要定期复查胃镜和病理检查，监测肠化生的变化情况。医生会根据复查结果调整治疗方案。同时，保持积极乐观的心态也有助于病情恢复。患者要严格按照医生制定的方案进行治疗，不要自行增减药量或停药，以免影响治疗效果。
