阴茎流黄水和小便疼痛可能是由多种原因引起的，如尿道炎、前列腺炎、淋病、包皮龟头炎、尿路结石等。
1. 尿道炎：多由细菌感染引起，如大肠杆菌等。表现为尿道口红肿、瘙痒，有脓性分泌物，伴有尿频、尿急、尿痛等症状。治疗需使用抗生素，如左氧氟沙星等，并注意局部清洁。
2. 前列腺炎：可由细菌感染或非感染因素导致。会出现尿频、尿急、尿痛，会阴或耻骨上区疼痛，尿道口有分泌物等。治疗包括应用抗生素如头孢呋辛酯、α受体阻滞剂如坦索罗辛等，同时避免久坐、饮酒等不良习惯。
3. 淋病：是由淋球菌感染引起的性传播疾病。主要症状为尿道口红肿、流脓，伴有尿痛。治疗以抗生素为主，如头孢曲松钠，需遵循足量、规范的原则，并避免性行为，防止传染。
4. 包皮龟头炎：常因包皮过长、局部不洁等引起。表现为龟头和包皮内板红肿、糜烂，有黄色分泌物，可伴有疼痛。治疗需保持局部清洁，外用抗菌药物如莫匹罗星软膏，如有包皮过长，可考虑手术治疗。
5. 尿路结石：结石在尿路中移动时，可能损伤尿道黏膜，导致尿液中出现血液和脓性分泌物，同时伴有尿痛。治疗根据结石的大小、位置等选择合适的方法，如药物排石如排石颗粒、体外冲击波碎石或手术取石等。
在日常生活中，应注意个人卫生，保持生殖器清洁，避免不洁性行为。如出现阴茎流黄水和小便疼痛等症状，应及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
