三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是由多种原因引起的，如内耳发育不平衡、头部出汗、头皮湿疹、缺钙、神经系统发育不完善等。
1. 内耳发育不平衡：宝宝的内耳发育尚未完全成熟，可能会出现平衡感失调，导致摇头。这种情况随着宝宝的成长会逐渐改善，无需特殊处理。
2. 头部出汗：宝宝新陈代谢较快，睡觉时容易头部出汗，感到不适而摇头。应注意保持室内适宜的温度和湿度，避免给宝宝穿盖过多。
3. 头皮湿疹：头皮湿疹会引起瘙痒，使宝宝摇头。需注意宝宝头部的清洁，保持皮肤干爽，必要时可在医生指导下使用湿疹药膏。
4. 缺钙：宝宝缺钙时，神经兴奋性增高，可能会出现摇头现象。可适当补充维生素D和钙剂，同时增加户外活动，促进钙的吸收。
5. 神经系统发育不完善：宝宝神经系统发育尚不完善，也可能出现摇头的情况。随着神经系统的逐渐发育，这种现象会慢慢消失。
宝宝睡觉摇头的原因较多，如果摇头症状持续不缓解或伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时就医，查明原因并进行相应的治疗。在日常生活中，家长要注意观察宝宝的情况，为宝宝提供一个舒适的睡眠环境。
