16岁学生上厕所疼痛可能是尿道炎、膀胱炎、尿路结石、前列腺炎、肠道疾病等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有药物治疗、饮食调整、多喝水等。
1.尿道炎：尿道炎是常见的泌尿系统感染，可能由细菌感染引起。症状包括尿频、尿急、尿痛等。遵医嘱用药，如左氧氟沙星片、三金片、头孢克肟胶囊。平时要注意个人卫生，保持尿道口清洁。
2.膀胱炎：膀胱炎多由细菌感染导致，主要表现为下腹疼痛、尿频、尿急、尿痛等。可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、呋喃妥因肠溶片、复方磺胺甲噁唑片等药物治疗。同时要多喝水，促进尿液排出。
3.尿路结石：尿路结石可引起尿痛，还可能伴有血尿。较小的结石可通过多喝水、多运动等方式促进排出。较大的结石可能需要体外碎石或手术治疗。遵医嘱用药，如排石颗粒、肾石通颗粒、枸橼酸氢钾钠颗粒。
4.前列腺炎：前列腺炎在青少年中也较为常见，可出现尿痛、尿频、尿急等症状。治疗方法包括药物治疗和生活方式调整。遵医嘱可使用前列舒通胶囊、盐酸坦索罗辛缓释胶囊、阿奇霉素分散片等。避免久坐，保持规律的性生活。
5.肠道疾病：如结肠炎、直肠炎等肠道疾病，也可能导致排便时疼痛。需根据具体病情进行治疗，遵医嘱使用美沙拉嗪肠溶片、柳氮磺吡啶肠溶片、双歧杆菌四联活菌片等药物。注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物。
在日常生活中，学生应注意保持良好的个人卫生习惯，多喝水，避免憋尿，适当进行体育锻炼，增强体质。如果上厕所疼痛的症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。
