两只眼睛不对称可能是遗传因素、不良生活习惯、眼部疾病、外伤、神经系统问题等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有矫正训练、手术治疗、药物治疗等。
1.遗传因素：有些人天生双眼就存在一定程度的不对称，这可能与家族遗传有关。这种情况下，如果不对称不严重，一般不需要特殊治疗。如果影响美观或视力，可考虑通过手术进行矫正。
2.不良生活习惯：长期侧卧睡觉、用眼习惯不良等可能导致双眼不对称。应调整生活习惯，保持正确的睡姿和用眼姿势，避免长时间单侧用眼。
3.眼部疾病：如麦粒肿、结膜炎等眼部疾病可能导致眼睑肿胀，从而使双眼看起来不对称。遵医嘱用药，如左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏、阿莫西林胶囊等，以消除炎症，缓解症状。
4.外伤：眼部受到外伤可能导致眼部组织损伤，进而引起双眼不对称。应及时就医，根据损伤情况进行治疗，可能需要手术修复。
5.神经系统问题：神经系统疾病如面神经麻痹等可能影响眼部肌肉的功能，导致双眼不对称。需要针对神经系统疾病进行治疗，如使用营养神经的药物，如甲钴胺片、维生素B1片、腺苷钴胺胶囊等。
在日常生活中，要注意保护眼睛，避免眼部受伤和感染。如果发现双眼不对称的情况，应及时就医，查明原因，并在医生的指导下进行治疗。
