跑完步腰两侧疼可能是肌肉疲劳、腰部扭伤、腰椎间盘突出、肾结石、泌尿系统感染等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有休息、物理治疗、药物治疗、手术治疗等。
1.肌肉疲劳：长时间跑步可能导致腰部肌肉疲劳，产生疼痛。这种情况下，应适当休息，避免过度劳累，可对腰部进行热敷、按摩，以缓解疼痛。遵医嘱用药，如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、氯唑沙宗片。
2.腰部扭伤：跑步时姿势不正确或用力过猛可能导致腰部扭伤。扭伤后应立即停止运动，卧床休息，受伤24小时内冷敷，24小时后热敷。遵医嘱用药，如跌打丸、活血止痛胶囊、伤科跌打片。
3.腰椎间盘突出：本身患有腰椎间盘突出的人，跑步可能会加重病情，导致腰两侧疼。需要卧床休息，可进行牵引、理疗等治疗。遵医嘱用药，如甲钴胺片、腰痛宁胶囊、根痛平颗粒。
4.肾结石：肾结石在跑步时可能会移动，刺激肾脏或输尿管，引起腰两侧疼痛。建议多喝水，促进结石排出。如果疼痛严重，应及时就医，根据结石的大小和位置，选择合适的治疗方法。遵医嘱用药，如肾石通颗粒、排石颗粒、枸橼酸氢钾钠颗粒。
5.泌尿系统感染：泌尿系统感染也可能导致腰两侧疼，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。需要多喝水，注意个人卫生。遵医嘱用药，如左氧氟沙星片、三金片、呋喃妥因肠溶片。
如果跑完步后腰两侧疼的症状持续不缓解或加重，应及时就医，明确病因，进行针对性治疗。在日常生活中，跑步前应做好热身运动，掌握正确的跑步姿势，避免过度运动。
