一般情况下，规范操作的鼻咽拭子不会对鼻子造成明显伤害。但如果操作不当，可能会引起一些不适甚至损伤。
鼻咽拭子是通过采集鼻腔和咽部的分泌物来检测病原体。在正常规范操作时，医护人员会轻柔、准确地将拭子插入鼻腔，沿着鼻腔自然通道到达鼻咽部，这种操作大多能被耐受，不会对鼻腔黏膜等造成实质性损害。
若操作不够熟练或动作过于粗暴，可能会导致鼻腔黏膜破损、出血，引起疼痛等不适症状。尤其是本身鼻腔就存在炎症、黏膜比较脆弱的人，受到伤害的风险可能会相对高一些。
不同材质的拭子也可能对鼻腔产生不同影响。质量合格、设计合理的拭子能减少对鼻腔的刺激。
在进行鼻咽拭子检测时，要尽量放松，不要随意晃动头部，配合医护人员的操作。检测后若出现鼻腔少量出血，可通过按压鼻翼等方式止血。若不适感持续较长时间或出现其他异常症状，应及时就医，遵循医生的建议进行处理。
