轻微脑炎一般不一定会留下后遗症。轻微脑炎病情相对较轻，对脑部组织的损伤有限，若能及时有效治疗，多数患者可恢复良好，不遗留明显问题。但也有部分患者因个体差异等因素，可能出现一些后遗症。
轻微脑炎是因病原体侵犯脑实质引发的炎症。当炎症程度较轻微时，脑部神经细胞受损范围小、程度轻，在积极治疗干预下，身体有较大可能将受损组织修复，从而不出现后遗症。若治疗不及时、不规范，或者患者自身免疫力较差等，炎症可能持续对脑部造成损害，就可能出现诸如认知功能下降、癫痫发作、运动障碍等后遗症。
后遗症的出现还与病原体种类有关。比如病毒感染引发的轻微脑炎，部分病毒对神经细胞有特殊亲和力，即便炎症轻微，也可能在一定程度上影响神经功能。
在恢复期间，要保证充足休息，让身体有足够能量进行恢复。饮食上，多摄入富含营养的食物，如蛋白质、维生素丰富的食物，增强机体抵抗力。同时，需按照医生要求定期复查，以便及时发现潜在问题并处理，最大程度降低后遗症发生的可能性。
