甲硝唑和替硝唑在作用机制、抗菌谱、药代动力学、不良反应、临床应用方面存在不同。
1. 作用机制：甲硝唑进入微生物细胞后，其硝基被还原成一种细胞毒物质，作用于细菌的DNA代谢过程，促使细菌死亡；替硝唑作用机制与甲硝唑相似，也是干扰细菌DNA代谢过程，促使细菌死亡，但在作用细节上有差异。
2. 抗菌谱：甲硝唑主要对厌氧菌有强大抗菌作用，对滴虫、阿米巴原虫等也有较好效果；替硝唑抗菌谱与甲硝唑相近，但对某些厌氧菌的抗菌活性更强，对脆弱拟杆菌的作用比甲硝唑强2-4倍。
3. 药代动力学：甲硝唑口服吸收良好，生物利用度高，在体内分布广泛，t1/2为8小时左右；替硝唑口服后吸收迅速、完全，血药浓度高，t1/2较长，约为12-14小时，药效维持时间更久。
4. 不良反应：甲硝唑常见不良反应有恶心、呕吐、食欲不振等胃肠道反应，以及头痛、眩晕等神经系统症状，还可能引起双硫仑样反应；替硝唑不良反应相对较轻，胃肠道反应发生率低于甲硝唑，引起双硫仑样反应的几率也较小。
5. 临床应用：甲硝唑常用于治疗厌氧菌引起的各种感染，如腹腔、盆腔感染等，也用于滴虫病、阿米巴病等；替硝唑在治疗厌氧菌感染方面疗效与甲硝唑相似，但在一些严重厌氧菌感染或需要长效抗菌作用时更具优势。
在使用甲硝唑或替硝唑时，应严格按照医生的处方用药，不可自行增减剂量或停药。用药期间要注意观察自身症状变化，若出现严重不良反应或症状无改善，应及时就医。同时，用药期间避免饮酒，以免引发不良反应。
