百日咳和以下两方面的原因有着密切的关系。1.是病原体，百日咳主要是由于受到百日咳杆菌感染引起的急性呼吸道疾病，百日咳杆菌感染呼吸道系统，产生一些咳毒素、气管细胞毒素等致病物质，进行血液循环，动员到周围血液及气管，损伤气管纤毛上皮细胞，使之变性、坏死。2.流行病学方面原因：百日咳是一种传染性疾病，具有传染性。传染源为百日咳患者、隐性感染者及带菌者，通过飞沫进行传播，进入人 体呼吸道进行感染。
