肛瘘患者病发时会出现以下的症状：肛瘘病发处会出现脓性、血性、黏液性分泌物，这也是肛瘘的最主要、最突出的症状，分泌物刺激皮肤，病发区域容易出现湿疹，外口愈合后。瘘管会出现脓肿，有着明显的疼痛感，引发低热、全身乏力、寒战等全身不适。这时要进行手术进行引流，症状可以得到减轻。单纯性肛瘘只有1个内口和1个外口，容易假性愈合，再次复发，出现1个内口与多个外口，形成复杂性肛瘘，增加了治疗难度。较大的高位肛瘘，不受括约肌控制，常有粪便，及气体排出。
