小肚子和腰总是隐隐作痛可能由盆腔炎、子宫内膜异位症、泌尿系统结石、腰椎间盘突出、腹腔肿瘤等原因引起。
1. 盆腔炎：女性盆腔生殖器官及其周围的结缔组织、盆腔腹膜发生的炎症。多因经期卫生不良、产后或流产后感染等导致病原体入侵。炎症刺激可引起小肚子坠胀疼痛，还可能伴有腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加重，部分患者有白带增多、异味等症状。
2. 子宫内膜异位症：子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位。异位的内膜在卵巢激素的变化影响下发生周期性出血，刺激周围组织，引发疼痛。小肚子疼痛多在经期发作，进行性加重，还可伴有腰部放射性疼痛，对生育功能也可能产生影响。
3. 泌尿系统结石：如输尿管结石等，结石在输尿管内移动，刺激输尿管黏膜，引起痉挛，导致小肚子和腰部剧烈疼痛，疼痛常呈阵发性，可伴有血尿、恶心、呕吐等症状。
4. 腰椎间盘突出：腰椎间盘的退变、损伤等导致髓核突出，压迫周围神经组织。若压迫支配小肚子和腰部的神经，会引起相应部位疼痛，可能伴有下肢麻木、无力等症状，弯腰、劳累后疼痛加重。
5. 腹腔肿瘤：如肠道肿瘤、卵巢肿瘤等，随着肿瘤的生长，可能压迫周围组织和神经，引起小肚子和腰部隐痛，还可能伴有腹胀、消瘦、食欲不振等症状。
出现小肚子和腰总是隐隐作痛的情况，要注意休息，避免劳累和剧烈运动。疼痛持续不缓解或伴有其他不适症状时，应及时就医，进行详细检查，明确病因后遵医嘱治疗。
