肛瘘根治术后的恢复时间一般在20天到60天左右。具体而言，低位单纯性肛瘘恢复相对较快，通常20到30天可恢复；高位复杂性肛瘘恢复时间较长，多在40到60天。
肛瘘根治术的恢复时间受多种因素影响。手术创面大小是关键因素之一，低位单纯性肛瘘手术创面较小，对周围组织损伤轻，术后愈合相对容易，所以恢复时间短。而高位复杂性肛瘘手术创面大且涉及的组织层次多，手术操作更为复杂，术后愈合过程中需要新生的组织更多，因此恢复时间就会延长。
患者自身的身体状况也对恢复时间有重要作用。如果患者身体素质好，新陈代谢快，自身的修复能力强，术后伤口愈合就会比较迅速。相反，若患者存在一些基础疾病，如糖尿病等，会影响身体的正常代谢和免疫功能，导致伤口愈合缓慢，恢复时间也就相应增加。术后的护理情况也不容忽视。保持伤口清洁、按时换药、遵循正确的饮食和休息要求，都有助于伤口的顺利愈合，缩短恢复时间；若护理不当，引发感染等并发症，恢复时间必然会延长。
肛瘘根治术后，患者要注意保持肛门局部清洁卫生，勤换内裤，排便后可遵医嘱用温水或药物坐浴。饮食上，多吃富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，避免久坐久站，适当进行活动。同时，要严格按照医生的嘱咐定期复查，以便及时发现并处理恢复过程中出现的问题，促进身体早日康复。
