治疗粪肠球菌常用的抗生素有青霉素、氨苄西林、万古霉素、利奈唑胺、达托霉素等。
1. 青霉素：通过抑制细菌细胞壁的合成发挥抗菌作用，对粪肠球菌有较好的抗菌活性，能干扰细菌细胞壁肽聚糖的合成，使细菌细胞壁缺损，失去渗透屏障作用，导致细菌肿胀、变形，最后破裂溶解而死亡，在临床应用较为广泛。
2. 氨苄西林：属于广谱半合成青霉素，抗菌谱与青霉素相似，对粪肠球菌有良好抗菌效果，可透过革兰氏阳性菌的细胞壁，抑制细菌细胞壁的合成，从而达到杀菌目的。
3. 万古霉素：主要通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥抗菌作用，对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、粪肠球菌等革兰氏阳性菌有强大的杀菌活性，能与细菌细胞壁前体肽聚糖末端的丙氨酰丙氨酸形成复合物，阻碍细菌细胞壁的合成。
4. 利奈唑胺：是一种恶唑烷酮类抗菌药物，通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥抗菌作用，对粪肠球菌包括耐万古霉素的粪肠球菌有较好的抗菌活性，可与细菌50S核糖体亚基结合，抑制蛋白质合成起始复合物的形成。
5. 达托霉素：能与细菌细胞膜结合，引起细胞膜电位的快速去极化，导致细菌细胞死亡，对粪肠球菌有较强的抗菌活性，尤其适用于治疗复杂性皮肤和皮肤软组织感染以及血流感染等。
治疗粪肠球菌感染需依据患者具体病情、细菌耐药情况等合理选用抗生素。患者应严格按医生的嘱咐按时、按量用药，不可自行增减剂量或停药，以免影响治疗效果或导致细菌产生耐药性。同时，治疗期间要注意休息，保持良好的生活习惯，增强自身抵抗力，促进身体恢复。
