咽喉囊肿可使用的药物有阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片、地塞米松片、金嗓散结丸、六神丸等，使用这些药物均需严格遵医嘱。
1. 阿莫西林胶囊：属于青霉素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用，对常见的呼吸道感染病菌有较好的抗菌效果，能减轻咽喉部位因囊肿引发的炎症。用药前需确认无青霉素过敏史，有青霉素类药物过敏者禁用。用法为口服。
2. 头孢克肟分散片：是第三代头孢菌素类抗生素，抗菌谱广，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌都有较强的抗菌活性，有助于缓解咽喉囊肿伴随的感染症状。对头孢菌素类抗生素过敏者禁用。可直接口服或加水分散后服用。
3. 地塞米松片：作为糖皮质激素类药物，具有强大的抗炎、抗过敏作用，能减轻咽喉局部的炎症反应，缓解因囊肿导致的肿胀等不适。患有严重高血压、糖尿病、胃与十二指肠溃疡等疾病患者慎用。口服给药。
4. 金嗓散结丸：为中成药，由马勃、醋莪术、金银花等多种中药制成，有清热解毒、活血化瘀、利湿化痰的功效，可改善咽喉囊肿引起的咽喉不适症状。用药期间忌辛辣、鱼腥食物。口服即可。
5. 六神丸：同样是中成药，含有麝香、蟾酥等成分，有清凉解毒、消炎止痛的作用，对咽喉肿痛等症状有一定疗效。孕妇及对本品过敏者禁用。口服或外用，外用时取丸十数粒，用冷开水或米醋少许，盛食匙中化散，敷搽患处。
在使用药物治疗咽喉囊肿期间，要注意保持口腔清洁，勤漱口，减少口腔细菌滋生。饮食上避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重咽喉不适。同时，要注意休息，避免过度用嗓，让咽喉得到充分的恢复。若用药后症状无明显改善或出现加重等情况，应及时就医。
