一岁三个月宝宝发烧 39℃可能是感染、疫苗接种反应、环境温度过高、脱水、自身免疫性疾病等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有物理降温、药物降温等。
1. 感染：多种病原体如病毒、细菌、支原体等感染都可能导致宝宝发烧 39℃。病毒感染多有自限性，如流感病毒引起的可遵医嘱用磷酸奥司他韦颗粒、小儿豉翘清热颗粒、抗病毒口服液；细菌感染需使用抗生素，如遵医嘱用阿莫西林克拉维酸钾干混悬剂、头孢克肟颗粒、阿奇霉素干混悬剂；支原体感染常用阿奇霉素治疗。同时配合物理降温，用湿毛巾敷额头等。
2. 疫苗接种反应：宝宝接种疫苗后，身体免疫系统会做出反应，可能出现发热。一般为低热，但也有少数宝宝会达到 39℃。通常无需特殊用药，可先采取物理降温，如贴退热贴、温水擦浴等。若发热持续不缓解或伴有其他不适，需就医，遵医嘱处理。
3. 环境温度过高：若宝宝所处环境温度过高、穿着过厚等，散热困难，可能引起体温升高到 39℃。此时要及时调整环境温度，保持在 22 - 24℃左右，减少宝宝衣物，利于散热，同时适量喂水，一般体温可逐渐下降。
4. 脱水：宝宝因呕吐、腹泻等导致脱水时，也可能出现发热。要及时补充水分和电解质，可遵医嘱口服补液盐，少量多次喂服。若脱水严重需静脉补液。同时监测体温，配合物理降温措施。
5. 自身免疫性疾病：如幼儿急疹、川崎病等自身免疫性疾病也会使宝宝高烧 39℃。幼儿急疹一般热退疹出，发热时可遵医嘱用对乙酰氨基酚滴剂、布洛芬混悬液、小儿柴桂退热颗粒降温；川崎病除发热外还有其他症状，需就医明确诊断后，遵医嘱使用丙种球蛋白、阿司匹林肠溶片等治疗。
日常要注意监测宝宝体温变化，根据天气合理增减衣物，保证营养均衡，增强宝宝抵抗力。若宝宝发烧持续不退或伴有精神萎靡、呼吸急促等异常表现，应及时就医。
