造成再生障碍性贫血的最主要的原因是使用一些药物，临床上经常导致再生障碍性贫血的药物包括氯霉素，有机砷，保泰松，金制剂，氨基比林，磺胺类的药物；此外，他巴唑，氯磺丙脲也有可能会导致再生障碍性贫血的发生，还有一些化疗药物，也有可能会导致再生障碍性贫血，比如说白消安。
除了上述的药物以外，化学毒物也和再生障碍性贫血的关系比较密切，尤其是含有苯以及苯的衍生物的化学毒物，油漆，沥青，染发剂，杀虫剂等，可以导致再生障碍性贫血的发生。
再生障碍性贫血的发生还有可能和长期接触大剂量的放射线性的辐射或者是病毒感染有关系。很多再生障碍性贫血可以继发于胸腺瘤，类风湿性关节炎等等，说明再生障碍性贫血的发生有可能和免疫因素有关。遗传因素在再生障碍性贫血的发病当中起着一定的作用，比如说范可尼贫血。
