骨性深覆合可通过口腔护理、正畸治疗、手术治疗三种方法进行处理。
1.口腔护理
骨性深覆合发生后需注意口腔内部的卫生，坚持早晚刷牙、饭后漱口的良好习惯，避免吸烟或是饮酒，否则会滋生细菌，不利于口腔健康的恢复。
2.正畸治疗
结合骨性深覆合患者的病情展开正畸治疗，但在矫治时需结合前后牙以及牙槽的具体情况，再升高后牙以及牙槽的高度，从而打开咬合，能有效纠正前牙轴倾斜，有助于牙齿健康的恢复。
3.手术治疗
如骨性深覆合患者的病情较为严重，可咨询医生展开前牙区根尖截骨术治疗，首先要正畸治疗矫正上下颌切牙的长轴，从而排齐上下颌牙列，之后再正颌手术上颌以及下颌多段的截骨移位，最后重新排列上颌骨以及下颌骨，达到令人满意的治疗效果。
由于矫治器与牙齿间容易残留有食物残渣，容易引发一系列口腔问题，因此在治疗期间要注意个人卫生，必要时使用冲牙器、牙线以及牙间刷等工具进行处理。
