脑引流手术有后遗症，比较常见的有头痛、颅内感染以及癫痫等。
1.头痛：脑引流装置需要固定在某一个部位，没有办法调压，如果在放置脑引流装置的过程中，没有设置好，引流过度引发颅内压降低，容易出现头痛等症状。应用氯化钠溶液静脉滴注补液缓解。
2.颅内感染：在手术操作前，器械没有进行彻底消毒处理，或者手术无菌操作不规范，有可能会导致颅内出现感染。应遵医嘱用抗生素头孢氨苄片、头孢拉定片等药物抗感染治疗。
3.癫痫：是一种比较常见的神经系统疾病，由于脑引流手术需要在脑部放置引流管，可能引发局部神经细胞受损，出现异常放电的现象，后期就可能会形成癫痫。可在术后遵医嘱使用卡马西平胶囊、丙戊酸钠片等抗癫痫药物治疗。
除此之外，脑引流手术还可能会引起颅内压不稳定、大小便失禁等后遗症，通常在术后要注意卧床休息，不要过度劳累，保持情绪稳定。
