扁桃体和悬雍垂的位置、形状及作用是不同的，可以明确区分。
1.位置：扁桃体和悬雍垂都在咽喉部位，扁桃体是在腭舌弓跟腭咽弓之间。悬雍垂的位置在软腭的游离缘处，属于软腭中间，也就是扁桃体的中间。
2.形状：扁桃体外部有一层被膜覆盖，放大后能够看到里面有多个隐窝，这些就是淋巴组织。隐窝的黏膜能够分泌腺体细胞，漱口或者吃东西时，分泌物会反复循环。悬雍垂属于肌质结构，从口腔软腭的后缘往下凸起。
3.作用：扁桃体属于免疫性的活性器官，有免疫功能，可以产生淋巴细胞。扁桃体还有反射功能，可诱发多种反射，影响神经系统或者心血管等。扁桃体还和内分泌有关系，发炎时容易引起甲状腺肿大，还可能继发甲亢。悬雍垂的作用是吞咽时封闭口咽及鼻咽，避免水及食物反跳到鼻腔里，还可协助发音和共鸣。悬雍垂肥大或松弛时，可引起咽腔狭窄，造成睡眠时打鼾，甚至引起睡眠呼吸性暂停。
扁桃体和悬雍垂在咽喉中非常重要，一旦发炎肿大，影响很大，平时应注意预防感染。
