艾滋病阻断药一般不会影响到窗口期，而阻断药能够阻断病毒的复制过程，达到清除病毒的作用。
艾滋病属于慢性而且致命的传染性疾病，多因为感染艾滋病病毒而发病，其危害性非常严重。而窗口期指的是病毒进入到人体，但血液当中没有形成足够量的抗体，采用一般检查方法无法检测到艾滋病病毒抗体的时间段，一般在两到三周左右。阻断药能够通过阻断病毒复制的过程，可有效清除病毒。但阻断药只能消灭进入到身体内部的免疫缺陷病毒，一旦免疫成功，病毒不会释放抗原，更不会产生抗体。
另外阻断药物在阻断时失败，体内的病毒将会释放出抗原或是产生抗体，在相应时间段能够检测到异常的指标，不会因阻断药的使用促使窗口期延长，更不会超过正常的检测时间段。
