跑步之后肩膀两边好痛通常是由着凉、外伤和肩周疾病等原因引起，可以通过一般治疗、外用药物和手术的方式进行缓解。
1.着凉：如果在开始跑步时不注意保暖穿的过少，使肩膀的部位着凉受到风寒，会引起疼痛感通常在跑步之后时会加重。患者应注意保暖，在适当地热身之后再脱去衣物，可以减少着凉的发生。
2.外伤：如果肩部在受到外力的撞击后，局部的软组织会受损进而出现发红、肿胀的症状，跑步运动时会对局部肌肉会产生牵扯，跑步结束之后会出现明显的疼痛感。患者需要在医生的指导下，涂抹正红花油、伤科跌打损伤喷剂等能够缓解疼痛。
3.肩周疾病：如果患者本身患有肩周炎、肩峰下撞击综合征等疾病时，在跑步之后会加重局部的病症，出现明显的疼痛感、行动受阻等症状，患者可以在医生的指导下进行肩周的康健训练。如果效果不明显则需要通过手术进行治疗。
此外，如果肩关节有筋膜炎症，也会造成跑步时肩膀疼的症状。建议患者在出现不适时应暂时停止跑步，避免病情的加重，注意多休息，保证充足的睡眠，更有利于身体的恢复。
