金匮肾气丸通常无副作用，但使用不当可能会引起一些不良反应，例如皮肤过敏、胃肠不适、心律失常等。
1.皮肤过敏：少部分患者使用金匮肾气丸后，可能会因为自身对药物成分过敏的原因造成皮肤过敏，表现为皮肤瘙痒、发红、起皮疹等，还有可能会引起荨麻疹，导致皮肤巨痒难受，起红色肿块等。
2.胃肠不适：如果不注意用药方式或擅自加大剂量，可能会因为服用金匮肾气丸而刺激到胃肠黏膜，从而引起胃肠不适，有恶心、想吐、腹泻、腹痛等症状，一般停止使用后会自行缓解。
3.心律失常：按照正常的要求服用金匮肾气丸，很少会影响心率，但少部分患者用药，未严格按照医生要求进行或擅自加大剂量，可能会因此影响到心率，导致心率减慢，时常会有心慌、气短、胸闷等症状。
除此之外，也有可能会因为长期使用金匮肾气丸而导致阳痿或早泄加重，所以用药一定要小心谨慎，同时也要注意相关事项，如不良反应较为严重，需及时停用。
