纳豆菌的作用与功效有调节肠道菌群、抗氧化等，但要注意不可过量使用。
纳豆菌在通过吞噬大豆蛋白来繁殖的时候，产生出的无数酵素纳豆激酶和维生素K，可以调节肠道内的菌群组织，起到促进消化，缓解便秘的效果。同时纳豆菌中还有丰富的氨基酸，是蛋白质的主要成分，使用后可以提高机体免疫力，起到延缓衰老、抗氧化等作用。但使用过程中，要注意不可过量，以免出现不良反应。
而纳豆菌作用于黄豆并经过发酵后制成纳豆，其中含有的纳豆激酶、纳豆蛋白，是血栓和血压的抑制酶，因此可用于预防脑卒中、急性心肌梗死和高血压。另外纳豆中还有大量的纳豆异黄酮，有助于调节雌激素，降低女性更年期综合征的发生几率。
虽然纳豆菌有以上效果，但不能替代药物疗效。因此患病后还应及早就诊，在医生的指导下进行处理。
