临床上常见的厌氧菌包括乳酸杆菌、双歧杆菌、肉毒梭状芽孢杆菌、破伤风梭状芽孢杆菌以及产气荚膜梭状芽孢杆菌等。
1.乳酸杆菌：属于无芽孢的杆菌，革兰氏阳性菌。代谢碳水化合物产酸能力比较强，人体摄入后可以帮助合成葡聚糖与杂多糖。还可以使糖类发酵后产生乳酸或其他酸类物质，能起到调味与防腐的作用。
2.双歧杆菌：这是一种革兰氏阳性、严格厌氧的细菌属，广泛存在于人以及动物的消化道、阴道以及口腔等生境内。为人与动物肠道菌群的重要组成成员之一。在临床上有不少此菌株可以作为益生菌而用在食品、医药以及饲料方面。
3.肉毒梭状芽孢杆菌：广泛存在于土壤中，因此，极易污染食品。肉毒梭状芽孢杆菌是一种专性厌氧的腐生菌，革兰阳性，其芽孢耐热，一般煮沸需经1至6小时才能杀死。人体摄入后可诱发食物中毒，且对热抵抗力很强。
4.破伤风梭状芽孢杆菌：又称之为革兰氏阳性厌氧菌，是一种引起破伤风的细菌，广泛分布在人体的粪便、肠道以及自然界的泥土中。在缺氧环境中，此细菌可迅速繁殖，且会有大量的溶血毒素以及破伤风痉挛毒素产生，身体感染后可引发局部组织坏死及破伤风的问题。
5.产气荚膜梭状芽孢杆菌：主要在人体的肠道中，是正常菌群的其中之一，此外，这也是肠道内的条件致病菌，通常不会致病，但若受到多种因素影响，比如饮食、药物以及环境等，破坏菌群平衡，从而诱发这种杆菌繁殖，产生外毒素，诱发肠道疾病。
除以上常见的厌氧菌外，还有志贺氏菌，也是临床以及日常比较多见的致病菌。需要注意，厌氧性细菌的感染表现不一，主要表现为肌强直痉挛、腹胀以及发热、组织坏死等诸多症状，甚至会引起死亡。厌氧性细菌感染多数是自身菌群造成的感染，尤其多见于无芽孢厌氧菌，感染途径主要有呼吸道吸入、直接蔓延感染等。
