常染色质与异染色质的区别只有一点，那就是核酸螺旋化程度不同。
染色质主要由 DNA和组蛋白组成，不同于其他细胞中的组蛋白。染色质主要存在于细胞核内，由核小体构成，是一种高度有序的大分子物质。与其他细胞不同，细胞核内的染色质具有高度的结构复杂性和空间顺序性。常染色质是指以核小体为单位进行排列，非特定基因转录或非特异性DNA修复的染色质。
构成染色质的物质都是双链结构，DNA上的核苷酸排列顺序决定了染色质的结构。异染色质是一种非均质染色质，主要由组蛋白和非组蛋白组成。从严格意义上来说，二者结构上连续性、化学性质都没有差异，只是核酸螺旋化程度（密度）不同。
总的来说，异染色质由 DNA和组蛋白组成，而常染色质由DNA和组蛋白组成。因此，常染色质具有更复杂的结构。而且，常染色质在细胞周期中呈线性分布，而异染色质分布广泛。通过分析常染色质结构和基因表达情况，就可以研究基因的调控作用。
