通常情况下，肠镜消毒是比较彻底的。
肠镜检查是一种比较彻底的侵入性检查方法，为了避免交叉感染，肠镜的消毒至关重要。目前，医院对于肠镜的消毒有严格的规范和流程。一般采用高水平消毒或灭菌的方法。高水平消毒通常使用含氯消毒剂、过氧乙酸等化学消毒剂，这些消毒剂能够有效杀灭各种细菌、病毒、真菌等病原微生物。灭菌则多采用环氧乙烷气体灭菌等方式，能彻底消灭包括芽孢在内的一切微生物。
在实际操作中，肠镜使用后会立即进行初步的清洗，去除表面的污垢和有机物，然后按照规定的消毒程序进行严格消毒或灭菌处理。并且，医院会定期对消毒效果进行监测，通过化学监测、生物监测等多种方式，确保消毒达到预期的效果。
当肠镜消毒彻底时，能最大程度地保障患者的安全。比如，在进行肠镜检查时，可有效防止上一位患者携带的病原体传染给下一位患者，避免因检查器械而引发的医源性感染，像肠道传染病、经血液传播的疾病等都能得到很好的防控。
在接受肠镜检查时，应选择正规的医疗机构。正规医院有完善的消毒设备和专业的人员，能严格按照规范进行肠镜的消毒。同时，患者也可适当了解医院的消毒流程和监测情况，以增加自身的安全感。
