鼻脑毛霉病需要与鼻窦炎、细菌性脑膜炎、曲霉病、念珠菌病、隐球菌病等进行鉴别。
1. 鼻窦炎：鼻窦炎是鼻窦黏膜的炎症性疾病，较为常见。多由细菌、病毒等感染引起，主要表现为鼻塞、流涕、头痛等局部症状，一般无侵袭性生长特点，影像学检查可见鼻窦黏膜增厚、积液等，通常不会像鼻脑毛霉病那样出现快速进展的组织坏死及向颅内侵犯的表现。
2. 细菌性脑膜炎：这是一种常见的中枢神经系统感染性疾病。主要由各种细菌感染脑膜所致，起病急，有发热、头痛、呕吐、颈项强直等典型的脑膜刺激征表现，脑脊液检查可发现白细胞增多、蛋白升高、糖和氯化物降低等，与鼻脑毛霉病的鼻腔局部起始及特征性的血管侵袭表现不同。
3. 曲霉病：曲霉病是由曲霉属真菌引起的一组疾病，相对常见。可侵犯呼吸道、鼻窦等部位，临床表现多样，如发热、咳嗽、咯血等，鼻窦曲霉病在影像学上可有特征性的曲霉球等表现，病理检查可发现曲霉菌丝，与毛霉病的菌丝形态不同，有助于鉴别。
4. 念珠菌病：念珠菌病是由念珠菌属引起的感染性疾病。可累及皮肤、黏膜及内脏等多个部位，在鼻腔及鼻窦感染时，表现为局部黏膜充血、糜烂等，一般进展相对较缓，真菌培养及病理检查可发现念珠菌，与鼻脑毛霉病的病理特征有明显差异。
5. 隐球菌病：隐球菌病是由新型隐球菌感染引起，相对罕见。主要侵犯中枢神经系统和肺部，在中枢神经系统表现为头痛、呕吐、视力障碍等，脑脊液墨汁染色可发现隐球菌，与鼻脑毛霉病的临床表现及病理改变不同。
对于疑似鼻脑毛霉病的患者，应及时进行全面检查，结合临床症状、影像学及病理结果综合判断，以便明确诊断并采取恰当的治疗措施。
