眼睛真菌感染严重可能是眼部外伤、长期使用糖皮质激素、佩戴隐形眼镜不当、环境因素、自身免疫功能低下等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有清创、调整用药、正确佩戴、改善环境、增强免疫力等。
1. 眼部外伤：眼部受到植物性或泥土等污染的外伤后，真菌容易侵入眼部引发感染。对于这种情况，首先要对伤口进行彻底清创，去除污染物质。可遵医嘱使用那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液、两性霉素B眼用凝胶，抑制真菌生长，促进伤口愈合。
2. 长期使用糖皮质激素：长期使用糖皮质激素会改变眼部的微环境，降低眼部抵抗力，利于真菌滋生。应在医生指导下逐渐减少糖皮质激素的使用剂量。同时，可口服伊曲康唑胶囊、特比萘芬片、氟胞嘧啶片，遵医嘱用药，以控制真菌感染。
3. 佩戴隐形眼镜不当：长时间佩戴隐形眼镜、不注意镜片清洁等，会使眼部缺氧且易滋生真菌。需立即停止佩戴隐形眼镜，对镜片进行严格清洁或更换新镜片。还可使用利福平滴眼液、克霉唑眼膏、咪康唑滴眼液，遵医嘱用药，缓解眼部感染症状。
4. 环境因素：长期处于高温潮湿、卫生条件差的环境，增加了真菌感染几率。要改善居住和工作环境，保持清洁干燥。可通过局部热敷促进血液循环，辅助使用酮康唑滴眼液、联苯苄唑滴眼液、制霉菌素眼膏，遵医嘱用药治疗。
5. 自身免疫功能低下：如患有慢性疾病等导致身体免疫功能下降，眼部易受真菌感染。要积极治疗基础疾病，加强营养，适当运动增强免疫力。可遵医嘱服用转移因子胶囊、匹多莫德口服液、胸腺肽肠溶片，提高机体抵抗力，对抗真菌感染。
治疗期间要严格按照医生要求用药，按时复查。保持眼部清洁，避免用手揉眼。注意休息，保证充足睡眠，让眼睛得到充分恢复。饮食上多吃富含维生素和蛋白质的食物，避免食用辛辣刺激性食物。
