肝内胆管结石的病发不是一蹴而就的，是一个缓慢的形成过程，主要受到下面的原因影响：1.病毒细菌的感染：病毒、细菌、寄生虫的感染是引起肝内胆管结石的重要因素，感染细菌主要是来源于肠道，常见的细菌是大肠杆菌及厌氧菌。2.胆汁中的黏蛋白：胆汁中的黏蛋白的低，促进了β-葡萄糖醛酸酶使结合胆红素水解为游离胆红素，不易溶于水，发生沉淀，是结石形成的重要诱因。3.不良的饮食习惯和不健康的饮食结构：肝内胆管结石的病发于饮食有着极大的关系，一般在比较经济落后一点的地区病发率高，例如发展中国家比发达国家肝胆管内结石发病率较高，农村比城市的病发率高一些。4.胆汁淤滞：由于胆管狭窄、胆道梗阻等原因，导致胆汁流动不畅，胆汁淤滞胆汁动力学的改变，形成涡流、淤滞和细菌感染。
