疱疹性咽峡炎需与手足口病、口腔疱疹、急性扁桃体炎、鹅口疮、疱疹性口腔炎等鉴别。
1. 手足口病：二者病原体有重叠，均由肠道病毒引起。但手足口病除口腔疱疹或溃疡外，手、足、臀部等部位会出现斑丘疹或疱疹，而疱疹性咽峡炎主要病变在口腔咽峡部，无手足等部位皮疹。
2. 口腔疱疹：多由单纯疱疹病毒引起，口腔内可见成簇小水疱，易破溃形成溃疡，疼痛明显，可累及口腔黏膜多个部位，不限于咽峡部，且全身症状相对较轻。
3. 急性扁桃体炎：主要表现为扁桃体红肿，可伴有脓性分泌物，咽痛明显，吞咽时加重，血常规检查白细胞计数常升高，而疱疹性咽峡炎以咽峡部疱疹为特征。
4. 鹅口疮：由白色念珠菌感染引起，口腔黏膜表面覆盖白色乳凝块样小点或小片状物，不易擦去，强行剥离后局部黏膜潮红、粗糙，一般无发热等全身症状。
5. 疱疹性口腔炎：由单纯疱疹病毒Ⅰ型引起，口腔黏膜任何部位均可出现疱疹，水疱破溃后形成溃疡，疼痛剧烈，可伴有发热、烦躁、拒食等症状，病程约1 - 2周。
日常要注意保持良好的个人卫生习惯，勤洗手，避免前往人员密集场所。若怀疑感染疱疹性咽峡炎，应及时就医明确诊断，严格遵医嘱治疗，按时服药、复诊，以便及时调整治疗方案，促进病情恢复。
