凌晨三四点上腹部疼痛通常是由于消化性溃疡，急性胆囊炎，胃炎，心肌梗死等疾病引起，具体病因还需要去医院进行检查再对症治疗：
1.消化性溃疡：十二指肠球部溃疡或胃溃疡，会出现上腹痛疼，可能伴随有反酸、烧心等症状，一般要进一步做胃镜检查来确诊，临床上主要采取口服奥美拉唑、克拉霉素、甲硝唑、阿莫西林治疗，抗溃疡治疗两周左右的时间，再进行胃镜复查，看恢复情况如何；
2.急性胆囊炎：夜间迷走神经兴奋性增强，进而导致胆囊收缩出现胆汁排空障碍加上胆道系统的感染因素而引发的急性胆囊炎，需要去医院做B超检查来明确诊断，胆囊结石临床上一般需要行胆囊切除手术治疗；
3.胃炎：半夜上腹部疼痛是胃炎的一个症状，急性胃炎还会有恶心，呕吐，黑便，脱水，电解质及酸碱平衡紊乱的症状，需要去医院做相关的检查进一步确诊，可以口服奥美拉唑，热开水缓解症状；
4.心肌梗死：心肌梗死主要表现为突然发作，持续痛疼时间常超过30分钟，常有濒死感，上腹部疼痛往往是早期症状，少数会伴有胸闷、气短、呼吸困难、咳嗽等症状，可以通过舌下含服速效救心丸，硝酸甘油片来缓解，10分钟后不见症状缓解，需打120急救电话，尽快送医治疗。
